Prodi Keperawatan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Muhammadiyah Makassar berawal dari Akademi Keperawatan Muhammadiyah Makassar. Berdasarkan rekomendasi dari Kopertis Wilayah IX No. 1677/KOP.IX.N.92, tanggal 18 Mei 1992, maka terbit Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaaan RI No. 312/DIKTI/Kep/1992, tanggal 22 Juni 1992, tentang pemberian status terdaftar pada jurusan/program studi untuk jenjang program Diploma Tiga bagi Akademi Perawatan Muhammadiyah Makassar, dalam surat keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi dengan dua jurusan, yaitu Jurusan Keperawatan serta Hiperkes dan Keselamatan Kerja.

Pada tahun 2018 Akademi Keperawatan Muhammadiyah Makassar bergabung ke dalam Fakultas Kedokteran Universitas Muhammadiyah Makassar dan berubah nama menjadi Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Muhammadiyah Makassar. Penggabungan ini berdasarkan Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 3 Tahun 2018 tentang penggabungan dan Penyatuan Perguruan Tinggi Swasta. Badan Pembina Harian (BPH) Akademi Keperawatan Muhammadiyah Makassar mengusulkan ke Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Sulawesi Selatan untuk melakukan penggabungan dan penyatuan ke Universitas Muhammadiyah Makassar. Hasil keputusan dari Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Sulawesi Selatan bahwa Akademi Keperawatan Muhammadiyah Makassar bergabung dengan Universitas Muhammadiyah Makassar. Sehingga Ketua Badan Pembina Harian Universitas Muhammadiyah Makassar dengan Nomor surat 033/II.3/F/2018 tanggal 23 April 2018 mengusulkan penggabungan dan penyatuan ke Koordinator Koordinasi Perguruan Tinggi Swasta Wilayah IX. Pada tanggal 27 April 2018 Koordinator Koordinasi Perguruan Tinggi Swasta Wilayah IX Nomor surat 2737/K9/KK.02/2018, memberikan izin penyatuan Akademi Keperawatan Muhammadiyah Makassar ke Universitas Muhammadiyah Makassar.

Berdasarkan usulan dari Ketua Badan Pembina Harian Universitas Muhammadiyah Makassar dan Koordinator Koordinasi Perguruan Tinggi Swasta Wilayah IX maka ditetapkan Penyatuan Akademi Keperawatan Muhammadiyah Makassar ke Universitas Muhammadiyah Makassar dengan Nomor SK Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi nomor 1120/KPT/I/2018 tanggal 12 Desember 2018.